У сливном подручју Врањског дела реке, која пуни акумулацију Барје, кроз насеља се у воду баца различит отпад – од пластике и флаша до медицинског отпада. Са великим поплавним таласима, све то стиже до саме бране, где се затим ручно уклања.
Смањен доток воде довео је до зарашавања уливног дела акумулације, ширења растиња и смањења запремине језера. Да би се обезбедила стабилна количина и квалитет воде, неопходно је вишегодишње чишћење и уклањање наноса, грања и вегетације.
Што је већи ниво воде, то је и њен квалитет бољи — а тренутно мерења показују да је провидност воде у Барју достигла и до 7 метара, што потврђује да ова акумулација остаје један од најчистијих извора пијаће воде у Србији.
